1、2021 年昆明市手足口病流行病学和肠道病毒病原谱特征刘艳艳1，姜黎黎2，李文龙1，简千棋1，马丽波1，刘如锦1，杨瑶1，朱心1，伏晓庆2，侯敏1(1昆明市疾病预防控制中心，云南 昆明 650228;2云南省疾病预防控制中心，云南 昆明 650022)DOI:10.19914/j.CJVI.2023012基金项目:昆明市卫生科技人才培养项目暨“十百千”工程 No2019sw(后备)51通信作者:侯敏，Email:houmin7250 163com;伏晓庆，Email:fxq_05 163com刘艳艳、姜黎黎为共同第一作者，Email:liuyuxiu07 163com，314480101 qq
2、com摘要:目的 了解昆明市手足口病(Hand，foot and mouth disease，HFMD)流行病学和肠道病毒(Enterovirus，EV)病原谱特征。方法 通过中国传染病报告信息管理系统收集 2021 年昆明市 HFMD 病例信息进行描述性流行病学分析;采集部分 HFMD 病例标本，采用荧光定量 PC 检测肠道病毒 71 型(Enterovirus 71，EV71)、柯萨奇病毒 A16 型(Coxsackievirus A16，CVA16)、CVA6 和其他 EV，采用一步法 T-PC 对其他 EV 进行扩增和基因型鉴定;构建各基因型 EV 与参考株的 VP1 区全基因序列系统
3、进化树，分析亲缘性。结果 2021 年昆明市 HFMD 报告发病率为103.72/10 万(8 804 例)，其中 04 岁、59 岁、1014 岁、15 岁分别为 8 724.75/10 万、1 649.25/10 万、29.08/10万、9.35/10 万，主城区、郊县分别为 524.10/10 万、965.68/10 万。HFMD 病例标本的 EV 检测阳性率为 63.15%(538/852);在 538 株 EV 中，CVA16、CVA6、EV71、CVA4、CVA2、CVA10、埃可病毒 18 型(Echovirus 18，E18)、CVA9、E30、CVA5、CVA12、E21、未
4、分型 EV 分别占 38.66%(208 株)、30.86%(166 株)、2.97%(16 株)、2.97%(16 株)、1.30%(7 株)、1.12%(6 株)、0.74%(4 株)、0.37%(2 株)、0.37%(2 株)、0.19%(1 株)、0.19%(1 株)、0.19%(1 株)、20.07%(108 株)。CVA16、CVA6、EV71 和 CVA4 的优势亚型分别为 B1a、D3a、C4a 和 C2 亚型，其中 CVA16B1a 亚型、EV71 与东南亚国家流行株的亲缘关系密切，CVA6、CVA4 与中国其他地区流行株的亲缘关系密切。结论2021 年昆明市5 岁儿童和郊县
5、 HFMD 发病率高;HFMD 的 EV 病原谱呈多样性，优势基因型从既往的 EV71 转变为CVA16、CVA6 和 CVA4。关键词:手足口病;流行病学;肠道病毒;病原谱;基因特征中图分类号:373.2文献标识码:A文章编号:1006916X(2023)01006407Epidemiology and enterovirus spectrum of hand，foot，and mouth disease in Kunming city，2021Liu Yanyan1，Jiang Lili2，Li Wenlong1，Jian Qianqi1，Ma Libo1，Liu ujin1，Yang Y
6、ao1，Zhu Xin1，FuXiaoqing2，Hou Min1(1Kunming Municipal Center for Disease Control and Prevention，Kunming 650228，Yunnan，China;2 Yunnan Provincial Center for Disease Control and Prevention，Kunming 650022，Yunnan，China)Abstract:Objective To determine the epidemiology and pathogenic spectrum of hand，foot，a
7、nd mouthdisease(HFMD)in Kunming cityMethods We obtained data from HFMD cases reported in 2021 inKunming from the Chinese Infectious Disease eporting System for a descriptive analysis We collectedsamples from a subset of HFMD cases and used real-time T-PC to test for enterovirus 71(EV71)，coxsackievir
8、us A16(CVA16)，CVA6，and other EVs，which were further amplified and genotyped usingone step T-PC We constructed a phylogenetic tree of the VP1 genes of the isolates and referencestrains to determine genetic relationshipsesults The overall incidence per 100 000 population of reportedHFMD was 103.72(8 8
9、04 cases)in 2021 in Kunming，with age-specific incidences of 8 724.75，1649.25，29.08，and 9.35 among 04，59，1014，and 15year-olds;and incidences of524.10 and 965.68 in urban and suburban areas Among 852 tested samples，538(63.15%)werepositive for an EV，and among these，CVA16，CVA6，EV71，CVA4，CVA2，CVA10，echov
10、irus 18(E18)，CVA9，E30，CVA5，CVA12，E21，and non-genotyped EV accounted for 38.66%(208strains)，30.86%(166 strains)，2.97%(16 strains)，2.97%(16 strains)，1.30%(7 strains)，46CHINESE JOUNAL OF VACCINES AND IMMUNIZATION Vol29No120231.12%(6 strains)，0.74%(4 strains)，0.37%(2 strains)，0.37%(2 strains)，0.19%(1 st
11、rain)，0.19%(1 strain)，0.19%(1 strain)，and 20.07%(108 strains)Dominant sub-genotypes of CVA16，CVA6，EV71，and CVA4 were B1a，D3a，C4a，and C2;CVA16 B1a and EV71 strains were geneticallyclose to corresponding strains in Southeast Asian countries，while CVA6 and CVA4 strains were close tocorresponding strain
12、s in other areas of ChinaConclusions The HFMD incidence was high among childrenunder 5 years of age and in suburban areas of Kunming in 2021 The EV spectrum of HFMD was diverse，with dominant genotypes changing from EV71 to CVA16，CVA6，and CVA4Key words:Hand，foot，and mouth disease;Epidemiology;Enterov
13、irus;Pathogenic spectrum;Genetic characteristics手足口病(Hand，foot and mouth disease，HFMD)是由肠道病毒(Enterovirus，EV)感染引起的以手、足、口腔等处发生疱疹为典型病症的丙类传染病，婴幼儿和儿童易感，成人也可感染1。HFMD 病原体属于小 NA 病毒科肠道病毒属，有约 100 余种血清型，分为 A、B、C 和 D 四组2，以肠道病毒 71 型(Enterovirus 71，EV71)和 柯 萨 奇 病 毒 A16 型(Coxsackievirus A16，CVA16)最为常见。云南省地处边境，毗邻老挝
14、、缅甸和越南，HFMD 长期居于省内传染病报告病种首位，昆明市 HFMD 发病数、平均重症数和死亡数均排在云南省首位3。近年来中国多个城市呈现其他基因型 EV 逐渐替代 CVA16 和 EV71优势地位的特点4。为了全面了解昆明市 HFMD 流行规律和病原学特征，本文对 2021 年昆明市 HFMD发病监测数据、EV 病原谱和基因特征进行了研究，为昆明市 HFMD 病原学监测和防控以及动态掌握优势和非优势基因型 EV 遗传进化规律提供科学依据。材料与方法1资料来源和标本采集HFMD 临床诊断标准严格执行手足口病诊疗指南(2018 版)，通过中国传染病报告信息管理系统进行网络直报，从系统中获取
15、2021 年昆明市 HFMD病例相关信息。由昆明市所辖 14 个县区(市，下同)疾病预防控制中心(Center for disease control and prevention，CDC)2021年每月对首次就诊的至少 5 例 HFMD 轻症病例和所有 HFMD重症或死亡病例采集粪便、咽/肛拭子标本，及时送昆明市CDC 进行 EV 核酸提取和 EV 型别鉴定。标本的采集、运送和保存依据 手足口病预防控制指南(2009 版)的要求进行。2EV 核酸提取标本前处理参照手足口病实验室手册(2018 版)，取粪便标本约 2g 加入 10 mL 磷酸盐缓冲液(PBS)、1g 玻璃珠和 1mL 氯仿制成
16、的混合溶液中，摇床振荡20min，以 4 000rpm 离心 20min，取上清 200L 进行 EV 核酸提取。肛/咽拭子标本涡旋振荡后静置 10min，取 200L 进行EV 核酸提取。自动核酸提取仪(型号 SSNP2000A)和配套试剂盒购自江苏硕世生物科技股份有限公司。3EV 型别鉴定首先采用荧光定量 PC 对所有标本的NA 进行通用型 EV、EV71、CVA16 和 CVA6 型别鉴定;QS7荧光定量 PC 仪购自美国 ABI 公司，CVA16/EV71/通用型EV 三重检测试剂盒和 CVA6 单通道检测试剂盒(荧光 PC法)购自上海辉睿生物科技有限公司。然后采用一步法 T-PC 对非 EV71/CVA16/CVA6 的 EV 阳性标本，使用特异引物5 扩增 VP4/VP2 结合区基因，测序结果上传 EV 分型网站(https:/www rivm nl/mpf/typingtool/enterovirus)，鉴定 EV基因型别;一步法 T-PC 试剂盒 AccessQuickTMT-PCSystem 购自美国 Promega 公司。4EV 全基因序列扩增和测序采用一步法 T-
