1、调查研究进口冷链产品导致的一起新冠病毒 暴发疫情传播链及基因序列分析张林，刘祥亮，季圣翔（通信作者）临沂市疾病预防控制中心，山东 ；临沂市疾病预防控制中心病毒检验科作者简介：张林（），男，学士，高级研究员，研究方向：卫生应急管理通信作者：季圣翔，：摘要：目的对 年山东省临沂市一起进口冷链产品引起的新型冠状病毒 暴发疫情进行溯源及基因序列分析。方法对 年月 日山东省临沂市一起由进口冷链导致的新型冠状病毒肺炎（以下简称新冠肺炎）暴发疫情，收集感染者（）信息及冷库中产品外包装及环境拭子（）、冷库环境样本（），对此次疫情暴发进行流行病学调查，对采集到的样本进行实时荧光定量 检测和全基因组序列测定，使用
2、 软件对测序数据处理分析。结果该起疫情持续，共有 人感染，均为无症状感染者。基因和基因 值的中位数（，）分别为 （，）、（，）。条无症状感染者和份冷链产品样本的全基因组序列共享 个核苷酸突变位点和 个氨基酸突变位点。结论本起疫情为进口冷链产品被新型冠状病毒 污染引起，主要通过冷库和家庭密切接触传播。关键词：新型冠状病毒；奥密克戎；冷链；无症状感染者；全基因组测序 ：中图分类号：文献标识码：文章编号：（），：（），（），（）（），（，）（，），：；新型冠状病毒 属有包膜的属冠状病毒，年 月首次从新型冠状病毒肺炎（以下简称新冠肺炎）确诊患者的肺泡灌洗液中被分离出来。年 月于南非发现 的奥密克戎（）
3、变异株，并迅速蔓延全球。当前，毒株已取代 德尔塔（）变异株成为主要流行株，具有传播速度快、传播途径隐秘等特点，为新冠肺炎疫情防控提出了新的挑战。年月山东省青岛市暴发新冠肺炎疫情，在进口冷链包装材料中分离到 活病毒，表明被污染的冷链食品可能介导 的传播。年月 年月，我国有起新冠肺炎暴发疫情和 例本土病例与冷冻产品相关。年月山东省临沂市某地暴发新冠肺炎疫情，流调指向疫情源头预防医学论坛 年月第 卷第期 ，为进口冷链环节的 冷库。对 冷库中冷链产品及环境进行采样检测，荧光核酸检测结果为阳性。本文通过探讨该例冷链产品相关 毒株疫情的传播关系，可为防控 疫情及疫情溯源提供科学依据。对象与方法 对象研究对
4、象为 年月 日山东省临沂市一起新冠暴发疫情的感染者（）及 冷库中产品外包装及环境拭子（）、冷库环境样本（）。方法 核酸检测使用 病 毒 提 取 试 剂 盒（凯 杰，德 国，批 号：）提取病毒基因组 ，使用新型冠状病毒荧光定量 核酸检测试剂盒（北京卓诚惠生江苏硕世，批号：）和 荧光定量 核酸检测（上海伯杰，批号：）进行核酸检测。全基因组测序使用超灵敏度新型冠状病毒全基因组低载量捕获试剂盒（微未来，中国北京，批号：）对 基因组 进行逆转录和特异性扩增，使用 （因美纳，美国，批号：）构建文库 文 库 并 利 用 （因 美 纳，美 国，批 号：）进行二代测序。数据处理与分析使用 处理下 机数据，用武汉
5、株（，野生株，分离自新冠肺炎患者肺泡灌洗液）作为参考序列。从 上筛选并下载了 条序列，分别为世界各国上传 的 变 异 株 的 序 列。使 用 中的 工具，对 条全基因组核苷酸序列和 上下载的 条 变异株的序列进行比对，并基于临近法构建 最 大 近 似 性 系 统 进 化 树，值 设 置 为 ，以评估可靠性。运用突变位点和缺失等信息的在线分析工具 （：）分析新冠基因序列变异位点。统计学处理采用 软件进行统计分析，对结果进行描述性分析。结果 流行病学特征冷库感染人群为冷库工作人员及其密接。此次疫情的指示病例为 （男，岁，冷库老板），于 年月日在特殊职业人群应检尽检中发现 核酸检测阳性。同时还有 （
6、男，岁，冷库管理者，之子）检测阳性。经调查，此次暴发疫情中共有 人感染，均为无症状感染者。感染者中男性占 （），女性占 （）。感染者年龄最大 岁，最小岁。岁以下感染者占 （），岁为（），岁 为 （），占 （），岁占 （）。潜伏期为，中位数（，）为（，），均值为 。传播链分析冷库中共有工人人员 人，于 年月 日核酸检测结果均为阴性。所有感染者未到过疫区，也无其他感染者接触史。经流行病学调查，感染者之间的关系见图，和 为父子关系，同是冷库的管理人员，工作中存在与冷库中的冷链产品直接接触的机会。且同一天检出阳性，提示可能是非相互传播关系，而更可能是同时暴露于某工作环境。可见 和 分别引起家庭内传播。
7、于月日曾在 家做客。与 为夫妻关系。为 的朋友，月日曾在 和 家做客。、为 的家人。与 为母女关系。冷库从码头采购一批进口冷冻带鱼，据 描述带鱼原产地为印度。分四次（分别为 年月、日及月日）运至 冷库分装销售。冷库的装卸工共 人，分别为 、丈夫、。、，于 年月、日在冷库卸货。同 为夫妻关系。和 的丈夫（未感染）于 年月日在冷库卸货，提示月、日和月日卸货和暴露于冷链产品可 能 是 引 起 本 次 暴 发 疫 情 的 重 要 原 因。另 外，也引起家庭内传播。核酸检测结果 份无症状感染者的鼻咽拭子检测结果为阳性，基因和 基因 值的中位数（，）分别为 （，）、（，）。份带鱼及外包装的混采标本及份冷库
8、环境样本 核酸检测结果为阳性，基因和 基因 值的中位数（，）分 别 为 （，）、（，）。预防医学论坛 年月第 卷第期 ，图临沂市 新冠暴发疫情传播链分析 感染者与冷链产品样本的基因组学特征通过 基因组高通量测序，共获得 例无症状感染 者、份 冷 链 产 品 样 本（、）全基因组序列，以及份冷链产品样本的部分基因组序列。在线分析工具 显示，与武汉参考株相比，条新冠病毒核酸基因组共享 个核苷酸突变位点和 个氨基酸突变位点，符合 进化分支突变特征。、两核苷酸 突 变 位 点 的 情 况 见 表，其 中 、条序列 、两个核 苷 酸 位 点 同 时 存 在 突 变 和 未 突 变 的 情 况；、共 条
9、序 列 的 、两个核苷酸位点突变率较高（均高于）。、位点同时存在突变和未突变 的 情 况，位 点 突 变 率 较 高（均 高 于）。新增 核苷酸突变位点，突变比例为 。表 全基因组序列突变位点分析编号突变率（）突变率（）突变率（）预防医学论坛 年月第 卷第期 ，系统进化树用临近法构建最大近似性系统进化树，可 以 看 出 条 感 染 者 的 基 因 序 列 和 、基因序列聚成一簇，亲缘关系较近，同其他序列无法聚成一簇，亲 缘 关 系 相 对 较 远。和 同 聚 成 一 簇，亲 缘 关 系 较 近。同 聚成一簇，亲缘关系较近。同其他感染者相比，和 中早期上传的序列亲缘关系更近。图临沂市新冠暴发疫情
10、 基因组的 系统发育树预防医学论坛 年月第 卷第期 ，讨论山东临沂市此起 暴发疫情的传播隐匿，核酸检测阳性者全部为无症状感染者。与 年初意大利北部沃镇、我国早期新冠肺炎疫情以及 年河南 （）疫情暴发不一致，但同 年月浙江省舟山港的 毒株（）感染的疫情一致，即感染者同为无症状感染者，且感染者已全程接种新冠疫苗。分析其原因如下：首先发现及时，感染者大部分为应检尽检人群，每周进行一次核酸检测；其次感染者全程接种新冠疫苗，免疫的保护作用 减轻感染者的症状；再次与 变异株相比，变异株感染者的症状更轻；最后 核酸检测阳性后，所有感染者于内转入定点医院隔离和治疗，降低了无症状感染者转为确诊病例的概率。尽管所
11、有 核酸检测阳性均为无症状感染者，但是仍然需要引起足够重视。意大利的第二轮疫情就是由无症状感染者引起的。同时无症状感染者也会出现超级感染者，等 报道无症状感染者曾引起超 人以上的传播。本研究结果表明，潜伏期最长为，中位数（，）为（，），均值为 。低于 等 报道野生株的潜伏期，等 报道的 变异株的平均潜伏期 ，但是高于潘静静等报道的 变异株 中位数。可以推测出引起此次疫情的 传播的隐匿 性 比 野 生 株 和 株 强，但 是 比 弱。因病毒 载 量 低，值 较 高（值），未 从 、获得测序结果。系统发育树显示，条序列聚成一簇，说明序列高度同源。分析系统进化树可以推测出 感染早于其他感染者。、两核
12、苷酸突变未引起蛋白质的改变，上的突变未发生变化，病毒传染性也无明显变化，自然选择倾向于那些增强病毒传染性的突变 理论上可以排除自然选择引起的变化。感染者和冷链产品 样 本 中获得的全基 因 组序列中均 存 在 、两个位点突变和未突变的情况、和 出现 部分突变的情况，可能同样本污染情况复杂及测序得到这两份样本全部分基因组序列有关。根据核酸检测结果、感染者的流行病学调查以及测序结果，共同指向此次疫情是由冷链产品引起的冷库工作人员及其密接的小规模传播。本起疫情提示，在新冠肺炎疫情防控中要提高防控意识，采取有效措施，防止冷链产品在生产、加工、运输过程中出现新冠病毒污染。同时提醒冷链从业人员应提高自我防
13、护意识，及时开展健康自我监测，一旦出现发热、咳嗽、乏力等症状应及时到定点医院就医。此次疫情的首次感染者 是在应检尽检工作中发现的，并对感染者的密接采取了及时有效的隔离措施，使感染的范围控制在某冷库的工作人员及其密接的范围内，未造成大规模传播。引起此次疫情的冷链产品未通过冷链疫情防控管理系统，造成了新冠病毒传播，提示相关部门应加强对冷链产品的管理，提高相应法律法规的宣传，对违反疫情防控法律法规和政策行为予以严厉打击，人物同防，一起筑牢疫情防控大堤。参考文献 ，（）：，（）：，（）：国家卫生健康委员会办公厅国家中医药管理局办公室 新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第九版）（）：，（）：，（）：，（）：
14、中国疾病预防控制中心新型冠状病毒肺炎应急响应机制流行病学组新型冠状病毒肺炎流行病学特征分析 中华流行病学杂志，（）：潘静静，王莹莹，王文华，等 一起由奥密克戎变异株 引起的河南省新冠肺炎本土疫情流行病学特征分析中国公共卫生，（）：张栋梁，易波，陈奕，等一例海港口岸境外关联新型冠状病毒感染的流行病学调查预防医学，（）：，：（），（）：（下转第 页）预防医学论坛 年月第 卷第期 ，在果实中积累，造成金属元素污染。研究发现，冬枣样品中重金属元素砷和铬可能来源于外部投入品如叶面肥、农药、植物激素等，铅从土壤向果实的转移能力相对较强。因此，为控制农产品中重金属元素的含量，既要加强对农业投入品中重金属元素
15、含量监测和监管，又要加强土壤治理，多措并举降低农产品重金属元素的含量，保证食品质量安全。尽管目前我国尚未制定干制红枣中重金属限量标准，但是红枣中金属污染问题应引起重视。参考文献 谢学军，金东艳，戴俊生，等红枣产业发展情况调研报告中国农村科技，（）：周向辉，石月锋，王向国红枣产品加工中存在的质量安全问题及对策食品研究与开发，（）：孙晓薇，于磊，金钰，等河南大枣铅镉污染及膳食暴露风险评估 粮食与饲料工业，（）：梁瑞玲，张威娜，杨瑞春，等 年河南省干制红枣多元素含量调查及膳食暴露风险评估 河南预防医学杂志，（）：中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会 食品安全国家标准食品中总汞及有机汞的测定：北京：
16、中国标准出版社，中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会，国家食品药品监督管理总局 食品安全国家标准 食品中多元素的测定：北京：中国标准出版社，王绪卿，吴永宁，陈君石 食品污染监测低水平数据处理问题中国预防医学杂志，（）：蒋琦，黄琼，张永慧 膳食铝暴露评估研究现状 中国食品卫生杂志，（）：郭建丽，张建萍，张凯，等济宁市 年蔬菜种植基地土壤重金属动态监测分析 中国卫生检验杂志，（）：聂翠芳，刘风仙，聂勇光滨州市 年食品中铅、镉、总汞、总砷元素污染情况职业与健康，（）：韩艳素山东德州地区土壤环境重金属现状调查农业技术装备，（）：李瑞平，郝英华，李光德，等泰安市农田土壤重金属污染特征及来源解析农业环境科学学报，（）：王盼盼，李会会，何靖蕾，等 年枣庄市部分市售蔬菜重金属污染状况及其健康风险评估预防医学论坛，（）：苏红晓，李晓妹，唐玉霞 年滨州市市售食品中重金属污染现状分析预防医学论坛，（）：于奎峰，刘楠 年临沂市茶叶中重金属含量调查分析中国卫生检验杂志，（）：刘楠，曹长会，于奎峰 年临沂市常见食品中重金属和砷的污染调查分析中国卫生检验杂志，（）：张昊文，陈晓晨，刘斌，等济宁市矿区周边农田土壤中
