1、南京农业大学学报被下列数据库列为来源期刊国际：荷兰Scopus数据库美国化学文摘(CA)英国动物学记录(ZR)英国国际农业与生物科学中心数据库(CABI)美国史蒂芬斯全文数据库(Eh,EBSCO host)美国乌利希期刊指南（网络版）(Ulrichsweb)日本科学技术振兴机构文献数据库(JST)国内：2020年版中文核心期刊要目总览中国科学引文数据库（核心库）(CSCD)中国科技论文统计源期刊(CCR)(中国科技核心期刊)中国科技期刊精品数据库中国学术期刊评价研究报告(RCCSE)核心期刊中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)中国科学引文索引(CSCI)中国学术期刊文摘（英文版）南京农业
2、大学学报2000年以来获得荣誉2001年中国期刊方阵双效期刊2002年获首届江苏期刊方阵优秀期刊奖2002一2013年8次荣获中国百种杰出学术期刊称号2003年获第二届国家期刊奖百种重点期刊奖2004年获全国高校优秀科技期刊一等奖2004和2007年2次获江苏省双十佳期刊奖2006一2014年连获5届中国高校精品科技期刊奖2008和2011年中国精品科技期刊2008一2018年获9届中国科技论文在线优秀期刊一等奖2009年获第四届华东地区优秀期刊奖2012年中国国际影响力优秀学术期刊2013年荣获首届江苏省新闻出版政府奖“报刊奖”2014和2017年荣获“江苏省十强科技期刊”奖2016、2018、2020和2022年中国高校百佳科技期刊2019年庆祝中华人民共和国成立70周年精品期刊2021年第三届江苏省新闻出版政府奖期刊奖提名奖2021年第七届华东地区优秀期刊
