1、热点聚焦JiangsuJPrevMed,Maol.34,No.3245江苏预防医学2 0 2 3年5月第34卷第3期Omicron变异株XBB.1.16流行情况和病原学特征王楠，董泽丰,屠博文”，陈曦4，陈嘉欣，王达李鑫娜”，许果”，冯欢欢”，何芳，于翔翔，吴海鸥1，严炳清13，马广源14，朱立国15，付建光151.南京市疾病预防控制中心，江苏南京2 10 0 0 3;2.苏州市疾病预防控制中心;3.常州市疾病预防控制中心；4.镇江市疾病预防控制中心;5.盐城市疾病预防控制中心;6.泰州市疾病预防控制中心；7.扬州市疾病预防控制中心；8.南京医科大学；9.徐州市疾病预防控制中心；10.准安市疾
2、病预防控制中心;11.连云港市疾病预防控制中心；12.宿迁市疾病预防控制中心；13.南通市疾病预防控制中心；14.无锡市疾病预防控制中心；15.江苏省疾病预防控制中心摘要：奥密克戎变异株XBB.1.16于2 0 2 3年1月9日在印度首次被发现，其病毒表面刺突（Spike，S）蛋白的E180V、T478R、F48 6 P突变增加了病毒的传播力、致病性和免疫逃逸能力，使得在美国、印度等国家的新冠病例数激增。2 0 2 3年4月17日，世界卫生组织指定XBB.1.16为感兴趣的变异株（variantofinterest,VOI），但未观察到疾病严重程度的增加或额外的公共健康风险，其全球评估风险较低
3、。本文通过文献阅读和数据库检索分析，对XBB.1.16流行情况和病原学特征进行总结，为新冠病毒防控策略的制定及疫苗、药物的研究提供科学参考。关键词：新型冠状病毒；奥密克戎；XBB.1.16；变异株；流行特征；病原学特征；免疫逃逸；风险研判中图分类号：R373.1文献标识码：A文章编号：10 0 6-90 7 0(2 0 2 3)0 3-0 2 45-0 3Research progress on the epidemic and pathogenic characteristicsof Omicron variant XBB.1.16WANG Nan*,DONG Ze-feng,TU Bo-w
4、en,CHEN Xi,CHEN Jia-xin,WANG Da,LI Xin-na,XU Guo,FENG Huan-huan,HE Fang,YU Xiang-xiang,WU Hai-ou,YAN Bing-qing,MA Guang-yuan,ZHU Li-guo,FU Jian-guang*Nanjing Municipal Center for Disease Control and Prevention,Jiangsu Nanjing 210003,ChinaAbstract:The Omicron variant XBB.1.16 was first discovered in
5、India on Jan 9,2023.The E180V,T478R and F486P mutationsof the spike protein on the virus surface increased the transmission,pathogenicity and immune escape ability of the virus,resulting in asharp increase in the number of COVID-19 cases in the United States,India and other countries.Therefore,on Ap
6、r 17,2023,XBB.1.16was designated as a variant of interest by the World Health Organization.However,no increase in disease severity or additional publichealth risk were observed,resulting in a lower global assessment risk for XBB.1.16.This review summarized the global and domesticpandemic and pathoge
7、nic characteristics of XBB.1.16 through literature review and database analysis,in order to provide scientific ba-sis for the formulation of COVID-19 prevention and control strategies,as well as research on vaccines and drugs.Keywords:SARS-CoV-2;Omicron;XBB.1.16;Variant;Epidemic characteristics;Path
8、ogenic characteristics;Immune evasion;Risk assessment根据WHO网站公布的数据，截至2 0 2 3年5月2 9日，全球报告新冠肺炎确诊病例7 6 6 6 97 48 5例，死亡病例6 943355例1。OmicronXBB.1.16于2 0 2 3年1月9日首次在印度被鉴定和报告，遗传学分析显示该毒株起源于2 个BA.2子代谱系的重组，是XBB.1的后代2 。之后，XBB.1.16全球流行水平持续上升，2023年2 月2 7 日3月5日在全球总监测数中的占比从0.52%上升到4.15%3。3月2 2 日被WHO列为监视中的变异株（Varian
9、t under monitoring，VU M），又因印度病例数的激增，4月17 日WHO将其列为感兴趣的变异株（variant of interest,VOI）。1流行情况1.1全球流行概况截至2 0 2 3年5月2 9日，共有6 7D01:10.13668/j.issn.1006-9070.2023.03.001基金项目：江苏省科技厅重点研发计划（BE2023601）；江苏省卫生健康委科研重点项目（DX202301）；江苏省333重点行业领域人才项目作者简介：王楠（198 8 一），女，黑龙江宾县人，助理研究员，主要从事二代测序及突变位点变异、病毒溯源等工作通信作者：付建光，副主任技师，E
10、-mail：w lk 2 8 4 16 3.c o m246JiangsuJPrevMed,May.Vol.34.No.江苏预防医学2 0 2 3年5月第34卷第3期个国家报告了2 0 0 2 3条OmicronXBB.1.16及其亚分支序列，主要来自印度（占32.1%）、美国（占12.8%）、中国（占8.6%）、澳大利亚（占8.1%）、加拿大（占6.2%）、日本（占5.7%）韩国（占5.2%）、英国（占3.5%）、新加坡（占2.4%）及泰国（占2.0%）【4)。截至2 0 2 3年5月2 9日，全球新冠病毒变异株的构成呈现如下动态变化4-5：XBB.1.5及其亚分支占比为15%6 6%，2
11、月中旬达到高峰（6 6%），而后逐渐下降；XBB.1.9及其亚分支占比为0 2 9%，于2 0 2 3年1月下旬开始暴发；XBB.1.16占比为0 2 0%，于2 0 2 3年3月上旬开始暴发；XBB.2.3占比为0 15%，于2023年3月上旬暴发。XBB.1.9、XBB.1.16、XBB.2.3变异株占比均有扩大趋势，见图1。本团队于2 0 2 3年3月发表论文指出应重点关注XBB.1.9分支6 ，目前监测结果与本团队之前的预测吻合度极高。100908070(%)603888201002243353344日期其他XBB.2.3*XBB.1.16*XBB.1.9*XBB.1.5*注：*为包含
12、其亚分支谱系。图12023年1月9日一5月2 9日全球新冠变异株的变化趋势图1.2手我国流行概况几2 0 2 2 年12 月9日以来，我国报告新冠病毒核酸检测阳性数呈现先增加后降低趋势，2022年12 月2 2 日达到高峰（6 94万）后波动下降【7 。监测结果表明，2 0 2 3年1月2 日一5月2 9日全国共报送36 8 55例本土病例有效基因组序列，均为Omicron变异株，涵盖2 6 3个进化分支，主要集中在BA.5.2及其亚分支、BF.7及其亚分支、XBB.1.9及其亚分支等3个流行分支。XBB及其亚分支占比由第7 周（2 月1319日）的1.2 1%增长至第2 1周（5月2 2 2
13、 9日）的94.8 0%，成为绝对优势分支，其中XBB.1.16及其亚分支序列共38 7 1条，占10.50%，在XBB及其亚分支中仅次于XBB.1.9(占18.2 9%）【4)2病原学特征目前，XBB.1.16存在9个亚分支，全基因组序列分析显示,XBB.1.16谱系具有约98 个基础的核苷酸位点变异及7 0 个氨基酸位点变异,在XBB.1的基础上增加了S区E180V、T 47 8 R、F48 6 P的特征性突变8-9;其中T478R和F486P突变位于病毒的受体结合区域（receptorbindingdomain，R BD），见图2。其他开放阅读框区域中的突变包括ORF1a：L38 2 9
14、F、ORF1b:D1746Y、O R F9b:15T、O R F9b:N55S10),其中ORF1a:L3829F存在于所有BQ及其亚分支谱系中，是慢性感染突变中普遍存在突变之一；XBB.1.9分支毒株中观察到ORF9b：I5T（T 2 8 2 97 C）突变，可能是其较XBB.1.5谱系生长更快的原因之一；ORF9b：N55S突变可能会产生进一步的免疫抑制。OABRBDF486PT478RC-ACE-2F486PRBDT478R注：A为XBB.1.16的S区结构示意图（XBB.1的同源结构模型，PDBID:8IOS）,其中粉色为RBD区域；B为2 个特征性的氨基酸突变；C为RBD与受体ACE
15、2结合部分结构示意图图2XBB.1.16变异株RBD区变异位点示意图3传播力、致病性和免疫逃逸能力3.1传播力XBB1.16的T478RI和F486P突变通过提高S蛋白与受体ACE-2的亲和力，使其传播力有所增强强12-14。印度的监测数据显示,XBB.1.16的有效生殖数（Re）为XBB.1的1.2 2 倍和XBB.1.5的1.13倍9。XBB.1.16毒株由于高传染性和快速传播能力，具有潜在的公共卫生危险。3.2致病性印度1项2 7 6 例XBB.1.16病例研究显示14：与其他Omicron病例相似,XBB.1.16感染病例主要为轻症，92%的病例出现以发热（6 7%）、咳嗽（42%）、
16、流涕（33.7%）、身体疼痛（14.5%）、疲劳（14.1%）为主的临床症状；17.7%的病例出现并发症，其中高血压最常见（47.9%），其次是糖尿病（39.6%）和哮喘（12.5%）。病例治疗主要为居家隔离（占74.3%），96.1%的居家隔离患者需要保守治疗；25.7%在医院救治，主要因非新冠感染原因人院，平均住院时间为（6.6 3.9）d，其中6 4.8%接受了保守治疗,33.8%需要补充氧气治疗1415。本研究的病死率为2.5%，其中7 5%的死亡病例为6 0 岁老年人，其中83.33%伴有潜在并发症143.3免疫逃逸能力印度研究报道有91.7%的XBB.1.16病例接种了至少1剂新冠病毒疫苗，提示收稿日期：2 0 2 3-0 5-2 9编辑：彭海燕JiangsuJ PrevMed,MayVol.34,No.3247江苏预防医学2 0 2 3年5月第34卷第3期该毒株具有强大的突破感染能力15。XBB.1.16 突变位点可能影响抗体的中和效率，导致更强的免疫逃逸8 。病毒学研究显示,XBB.1.16S蛋白N末端的E180V替换突变可能影响S蛋白的结构特性，使在其受体结合域（RB