1、分子机制研究套路（五）转录调控课题：转录因子A对B基因的转录调控1概念介绍：转录水平的调控是真核生物基因表达调控中重要环节。真核细胞 RNA 聚合酶自身对启动子并无特殊亲和力，单独不能进行转录，也就是说基因是无活性的。因此，转录需要众多的转录因子和辅助转录因子形成复杂的转录装置。在基因转录起始阶段，通用转录因子协助 RNA 聚合酶与启动子结合，但其作用很弱，不能高效率地启动转录。只有在反式作用因子(基因特异性转录因子）的协助下，RNA 聚合酶和TF才能有效地形成转录起始复合物。反式作用因子（trans acting factor）在转录调节中具有特殊的重要性。它是能直接或间接地识别或结合在顺式
2、作用元件 812bp 核心序列上，参与调控靶基因转录效率的一组蛋白质。这类 DNA 结合蛋白有多种，能特异性识别这类蛋白的序列也有多种，正是不同的 DNA 结合蛋白与不同的识别序列之间的空间结构上的相互作用，以及蛋白质与蛋白质之间的相互作用构成了复杂的基因转录调控机制的基础。在真核生物中转录因子的调控是最重要，也是研究得最多的。蛋白质相互作用在转录因子活性的调控方面具有重要的意义。细胞内的反式作用因子都是处于有活性和无活性两种状态，这两种状态是可以转换的。反式作用因子处于无活性状态时，与之相应的基因就不能表达；反式作用因子处于有活性状态、并与相应的顺式作用元件结合时，就可以促进 RNA 聚合酶
3、和通用转录因子与相应的启动子结合，形成转录起始复合物。所以，真核基因的表达调控主要是调节反式作用因子的活性，随后反式作用因子调控基因的转录起始。转录因子被激活后，即可识别并结合上游启动子元件和增强子，对基因转录发挥调控作用。大部分转录因子在激活以后与顺式作用元件结合，但也可能有一些转录因子是先结合DNA，被激活后才发挥调节功能。增强子和上游启动子元件可以结合一些相同的蛋白质，在不同的基因中，存在着同样的顺式作用元件，这表明一些数量有限的基因调控蛋白控制着真核细胞的基因表达。每一种转录因子结合顺式作用元件后虽然可以发挥促进或抑制作用，但是转录因子对基因表达的调控不是由单一的因子完成的，而是几种因
4、子组合，发挥特定的作用。通常是几种不同的转录因子控制一个基因的表达，一种转录因子也可以参与调控不同的基因表达调控。转录因子的数量是有限的，转录因子的组合作用方式使有限的转录因子可以调控不同的基因表达。2研究思路：2.1确定基因B启动子转录核心区域32.1.1 扩增基因B上游启动子区32.1.2酶切 PCR 产物和 pGL3-Basic 质粒32.1.3 构建 pGL3-Basic-基因BP(-1761/+37)质粒 P（promoter）32.1.4不同长度的基因B启动子区的荧光素酶报告基因质粒的构建32.1.5双荧光素酶报告系统确定基因B启动子区核心区域32.2转录因子A 对基因B的转录调控
5、作用52.2.1构建转录因子A真核表达载体52.2.2转录因子A 上调基因B的转录表达52.2.2.1体外证实转录因子A 结合基因B启动子52.2.2.2体内证实转录因子A 结合基因B启动子52.2.2.3突变转录因子A 结合位点显著下调基因B转录活性62.3转录因子A 对基因B转录激活作用62.4转录因子A 参与基因B转录调控62.1确定基因B启动子转录核心区域2.1.1 扩增基因B上游启动子区以基因B的转录起始位点为+1，扩增基因B启动子区（-1796bp 到+37bp），电泳结果显示条带特异，大小符合预期设计。接着用 DNA回收试剂盒回收PCR所得扩增片段，用内部短引物鉴定PCR结果，电
6、泳图显示这两对引物均扩增出位置正确的条带，bp和bp，提示扩增的1.8kbp的片段确实为基因B启动子。用DNA回收试剂盒回收PCR产物得基因B启动子(-1796bp 到+37bp)扩增片段。2.1.2酶切 PCR 产物和 pGL3-Basic 质粒因在基因B启动子扩增的引物的两端插入了Nhe I和Hind III酶切位点，故用Nhe I和Hind III 限制性酶酶切后与 pGL3-promoter载体上的Nhe I和Hind III粘性末端位点相连。2.1.3 构建 pGL3-Basic-基因BP(-1761/+37)质粒 P（promoter）将酶切的PCR产物连入pGL3-Basic质粒
7、，经转化细菌后，挑取单克隆，用基因B启动子内部引物鉴定，挑取鉴定正确的克隆 1、2、3、4、5 送测序。用 Vector NTI 10.0（Invitrogen）软件对测序结果进行多序列比对。留取测序正确的菌株冻入-80保存。2.1.4不同长度的基因B启动子区的荧光素酶报告基因质粒的构建用构建好的 pGL3-Basic-基因BP (-1761/+37)为模板扩增不同长度的片段，按上述的步骤连入pGL3-Basic质粒，测序鉴定正确，-80保存。2.1.5双荧光素酶报告系统确定基因B启动子区核心区域我们将成功构建的基因B启动子区的荧光素酶报告基因质粒共同转染HEK-293细胞，并同时转入pRL-
8、TK载体作为内对照。48 小时后进行荧光素酶报告基因分析。如图所示： -1761、-1273、-1018、-644、-338、-217 六个不同长度的片段都能够启动基因B的转录，而-217 片段基本丧失转录活性，提示基因B的转录核心区域就位于这段序列中。运用TRANSFAC转录因子预测网站我们发现在这250bp区域内含有4个转录因子A 的结合位点。那么具体是哪个位点对基因B的转录起到关键的调控作用，然后我们又将这250bp的序列截成三部分，检测其荧光报告强度。结果显示当将-108到-42这段序列截掉后，基因B的转录活性基本丧失，这说明基因B的转录核心区域就位于在基因B启动子-108到-42 内
9、。这段区域决定了基因B约 70%的转录活性。上述实验结果提示，转录因子A可能通过-108到-42kb这60bp 之间序列激活基因B的启动子区转录活性。注释：如上是寻找转录因子与基因结合位点的套路方案，通过截短不同区域寻找到活性关键区域。2.2转录因子A 对基因B的转录调控作用2.2.1构建转录因子A真核表达载体将编码转录因子A的基因序列连入真核表达载体 pcDNA3.1(+)后经酶切鉴定，出现了bp 目的条带，结果与前期设计相符，证明在真核表达载体中插入了相应的转录因子A蛋白编码序列，命名为 pcDNA3.1-转录因子A。2.2.2转录因子A 上调基因B的转录表达2.2.2.1体外证实转录因子
10、A 结合基因B启动子为了证明转录因子A可以结合到基因B启动子区的转录因子A 结合位点，我们合成生物素标记的转录因子A 结合位点的寡核苷酸探针，提取cell-1细胞的核蛋白，体外进行了 EMSA 实验。结果显示，加入核蛋白后可见明显的迁移条带，说明生物素探针可以和核蛋白结合，这种结合复合物可以被 100 倍未标记的探针所竞争而明显减弱。同时我们也合成了突变转录因子A 结合位点的生物素标记探针，突变探针将不会结合核蛋白，说明迁移条带确实是转录因子A和探针所形成的。为了进一步证实转录因子A的结合，超迁移实验显示加入转录因子A特异性抗体后，出现明显的超迁移带，但是加入无关抗体并不出现此条带。EMSA
11、实验证明转录因子A可以特异地结合到基因B启动子的转录因子A 结合位点。2.2.2.2体内证实转录因子A 结合基因B启动子染色质免疫共沉淀（ChIP）检测的是活细胞状态下转录因子和顺式作用元件的结合情况，近几年来，该技术被广泛用于基因转录调控的研究。用 ChIP 的方法检测了基因B高表达的cell-1细胞和基因B 低表达的cell-2细胞中转录因子A的结合情况。用转录因子A抗体沉淀交联复合体，然后经RT-PCR检测转录因子A 在基因B启动子上的结合序列。结果显示，加入转录因子A抗体后可以特异地沉淀基因组DNA，通过PCR反应可以特异性扩增出基因B启动子上的目的片段，而加入 IgG 的阴性对照未扩
12、增出相应条带。ChIP 实验结果在体内证实了转录因子A与基因B 启动子区的结合。同时我们也发现在基因B高表达的cell-1细胞中转录因子A 结合到基因B启动子的量明显高于基因B低表达的cell-2细胞。这也从另一个方面说明转录因子A 结合到基因B启动子区，而且基因B的表达量越高其结合转录因子A的量也越高，转录因子A 对基因B 的表达调控可能起着上调的作用。2.2.2.3突变转录因子A 结合位点显著下调基因B转录活性为进一步验证转录因子A通过结合基因B启动子上-108到-42之间的转录因子A结合位点而激活基因B的转录表达，我们构建了转录因子A结合位点突变的基因B启动子荧光报告载体，同时转入pRL
13、-TK载体作为内对照。转染48小时后进行荧光素酶报告基因分析。结果显示，转录因子A结合位点突变的基因B启动子荧光报告载体的转录活性与对照相比显著下降，这部分结果提示，转录因子A通过结合位于基因B启动子上-108至-42之间的转录因子A结合位点，进而激活基因B的转录表达。2.3转录因子A 对基因B转录激活作用将野生型的pGL3-基因BP(-108/+37) 与转录因子A 真核表达载体共转染，结果显示随着转录因子A 质粒用量的增加，基因B启动子区的活性逐渐增强，呈现剂量依赖性。上述结果说明转录因子A 可以结合到基因B启动子区并对其转录调控起着上调作用。2.4转录因子A 参与基因B转录调控为了进一步
14、说明转录因子A在基因B转录调控中的生物学作用，我们运用RNAi技术在基因B高表达的cell-1细胞中下调转录因子A 的表达，然后观察基因B的变化；反之在基因B低表达的cell-2细胞中通过瞬时转染转录因子A 真核表达载体过表达转录因子A，然后观察基因B的变化。通过 RT-PCR 和 Western blot 的分析，我们发现转入RNA干扰片段后转录因子A 的mRNA和蛋白表达明显下降，同时基因B的mRNA和蛋白表达水平明显被封闭。反之，过表达转录因子A 可以显著地升高基因B的表达水平。上述结果说明转录因子A参与基因B的转录调控，并且起着重要的作用。3应用案例：1.Kong LM, Liao CG, Fei F, Guo X, Xing JL, Chen ZN: Transcription factor Sp1 regulates expression of cancer-associated molecule CD147 in human lung cancer. Cancer science 2010, 101(6):1463-1470.
