1、DNAMAN 使用方法使用方法 1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel 2以不同形式显示序列以不同形式显示序列 3DNA序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析 4DNA序列比对分析序列比对分析 5序列同源性分析序列同源性分析 6.PCR引物设计引物设计 7 7质粒模式图绘制质粒模式图绘制 DNAMAN 使用方法使用方法 DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。翻开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个
2、常用主菜单，第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，第二栏为工具栏：第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，工具条，DNAMAN提供提供20个个Channel，点击，点击Channel工具条上相应的工具条上相应的数字，即可击活相应的数字，即可击活相应的Channel。每个。每个Channel可以装入一个可以装入一个序列。将要分析的序列序列。将要分析的序列DNA 序列或氨基酸序列序列或氨基酸序列放入放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本中可以节约存取序列时间，加快
3、分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后翻开一个序列文件，那么翻开的序列自动载入被激活的然后翻开一个序列文件，那么翻开的序列自动载入被激活的Channel中。中。以具体使用以具体使用DNAMAN的过程为例来说明的过程为例来说明如何使用如何使用DNAMAN分析序列。分析序列。1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel 通过通过File/Open命令翻开待分析序列命令翻开待分析序列文件，那么翻开的序列自动装入默认文件，那么翻开的序列自动装入默认Channel。通过通过Sequence/Load Sequence菜单菜
4、单的子菜单翻开文件或将选定的局部序列装的子菜单翻开文件或将选定的局部序列装入入Channel。通过。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令翻开一命令翻开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质性质DNA 或蛋白质或蛋白质，名称，和要分析，名称，和要分析的片段等参数。的片段等参数。2 以不同形式显示序列以不同形式显示序列 通过通过Sequence/Display Sequence命令翻开命令翻开对话框，如下图：对话框，如下图：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对根据不同的需要，可以选择
5、显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：话框选项说明如下：Sequence&Composition：显示序列和成分显示序列和成分 Reverse Complement Sequence：显示待分析序列的反：显示待分析序列的反向互补序列向互补序列 Reverse Sequence：显示待分析序列的反向序列：显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence：显示待分析序列的互补序列：显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence：显示待分析序列的双链序：显示待分析序列的双链序列列 RNA Sequence：显示待分析序列的对应：显示待分析序列的对应R
6、NA序列序列 3DNA序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入将待分析的序列装入Channel，点击要分析的，点击要分析的Channel，然后通，然后通过过Restriction/Analysis命令翻开对话框，如下所示：命令翻开对话框，如下所示：按扭，出现以下对话框：参数说明如下：参数说明如下：Results 分析结果显示分析结果显示 其中包括：其中包括：Show summary：显示概要，：显示概要，Show sites on sequence：在结果：在结果中显示酶切位点中显示酶切位点 Draw restriction map：显示限制性酶切图，：显示限制性酶
7、切图，Draw restriction pattern：显示限制性酶切模式图：显示限制性酶切模式图 Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位：忽略大于某设定值的酶切位点点 Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点：忽略小于某设定值的酶切位点 Target DNA：目标：目标DNA特性特性 Circular：环型：环型DNA，dam/dcm methylation：dam/dcm甲基化甲基化 all DNA in Sequence Channel选择此项，在选择此项，在Sequence Channel 中的
8、所有序列将被分析，如果选择了中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的，那么当所有的channel中共有两条中共有两条DNA时，那么只能时，那么只能选择两个酶分析，如果共有三个以上选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，那么只能用一个时，那么只能用一个酶分析。酶分析。选择所需的工程，然后按提示操作点击选择所需的工程，然后按提示操作点击 按扭，出现按扭，出现以下对话框：以下对话框：Enzyme：代表：代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和和d
9、namane.enz，如果添加过自制的酶列表，那么附加显示自，如果添加过自制的酶列表，那么附加显示自制酶列表文件名。其中制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含数据文件包含180种限制酶，种限制酶，dnamane.enz数据文件包含数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出显示框中列出按酶名称字母表顺序按酶名称字母表顺序，鼠标双击酶名称，那么对应的酶，鼠标双击酶名称，那么对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左
10、边酶列表中双击鼠标选择多种酶击鼠标选择多种酶例如例如puc18 multiple cloning sites，然后点击，然后点击 按钮出现以下对话框：按钮出现以下对话框：按钮出现以下对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter 酶切识别序列长度；酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中酶切产生的末端，其中包括，包括，Blunt平头末端平头末端，5Overhang5突出粘性末突出粘性末端端,3Overhang(3突出粘性末端突出粘性末端)，系统根据，
11、系统根据cutter和和end的设定情况的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击点击 按钮执行操作。按钮执行操作。4DNA序列比对分析序列比对分析Dot Matrix Comparision 要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision点矩阵比较通过Sequense/Dot matrix comparision命令翻开比对界面，如以下图：点击比照界面左上角的点击比照界面左上角的 按钮，出现以下对话框：按钮，出现以下对话框：4DNA序列比对分析序列比对分析Dot Matrix Compari
12、sion 参数说明如下：参数说明如下：Sequence type 序列类型序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，那么被选中的，那么被选中的Channel中的序列作为参加比对的第中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择选择框上点击即可。通过框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。选择参加比对的序
13、列片段。Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；源性；Annotations 是否显示注释是否显示注释 4DNA序列比对分析序列比对分析Dot Matrix Comparision Comparision 比对参数，其中比对参数，其中Window代表代表Window size单位单位比对长度比对长度，Mismatch代表代表Mismatch size单位比对长度中单位比对长度中许可的错配值许可的错配值，要快速比对，需将此项
14、设为，要快速比对，需将此项设为0。Both stran代代表双链比对，选择此项，是指用表双链比对，选择此项，是指用Sequence 2中的的正链和负链中的的正链和负链分别和分别和Sequence 1 比较，比较，Sequence 2链与链与Sequence 1 正链比较正链比较结果用黑色点表示，与结果用黑色点表示，与 负链比对结果用红色点表示。负链比对结果用红色点表示。Plot box：点阵图表显示参数点阵图表显示参数 Position：起点坐标，：起点坐标，Width：宽度值，：宽度值，Height：高度值，：高度值，Frame size：边框线粗度值，：边框线粗度值，Dot size：点粗
15、度值，：点粗度值，Gridline：虚线框数。虚线框数。参数设定好后，点击按钮参数设定好后，点击按钮 执行操作。执行操作。5序列同源性分析序列同源性分析 1两序列同源性分析两序列同源性分析 通过通过Sequence/Two Sequence Alignment命令翻开对话框，如命令翻开对话框，如下所示：下所示：参数说明如下：Alignment method：比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最正确比对)，中选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值DNA序列：k-tuple值可选范围2-6；蛋
16、白质序列：k-tuple值可选范围1-3 5序列同源性分析序列同源性分析 2多序列同源性分析多序列同源性分析 通过翻开通过翻开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令翻开对话框，命令翻开对话框，如下所示：如下所示：参数说明如下：参数说明如下：File：从文件中选择参加比对的序列从文件中选择参加比对的序列 Folder：从文件夹中选择参加比对的序列从文件夹中选择参加比对的序列 Channel：从从channel中选择参加比对的序列中选择参加比对的序列 Dbase：从数据库中选择参加比对的序列：从数据库中选择参加比对的序列 Remove：去除选择的序列去除选择的序列 Clear：去除全部序列去除全部序列 点击点击 按钮，出现对话框：按钮，出现对话框：2多序列同源性分析多序列同源性分析 如果在前一对话框选择的是如果在前一对话框选择的是Fast alignment,那么在此对话框中选择那么在此对话框中选择Quick alignment,否那么选择否那么选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变，点即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的
